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Sur la commune de Challuy se trouve l’un des plus anciens villages de la Nièvre, Aglan. On retrouve quelques traces archéologiques de l’époque gallo-romaine qui laisse penser à un secteur habité avec la découverte en 1878 d’une villa à Sully. La paroisse est née à la fin du IXème siècle. La plus grande partie des terres appartient
à l’évêque de Nevers jusqu’à la Révolution.
Plus récemment au XIXème siècle une fabrique de sucre et d’alcool fonctionne à Challuy et Plagny (1853–1880). Les bâtiments seront utilisés par la tuilerie Delagrange et Jemmerint en 1940.